所有的有机红薯都是转基因红薯
目前转基因作物中，超过90%都含有利用来自于土壤农杆菌的t-dnA分子插入到植物基因组中的基因。在野生状态下，这种细菌将自己的t-dnA注射到植物细胞中，迫使植物细胞产生那些土壤农杆菌喜欢“食用”的分子。植物育种家利用t-dnA分子（转移dnA）是因为t-dnA分子可以将外源的基因转入到细胞中，同时也因为t-dnA分子有粘性末端可以确保植物育种家们将具有重大价值的外源基因插入。通过将目标基因替换掉t-dnA中那些不良基因，植物育种家已成功利用这种分子将许多不同来源的基因插入到植物中，改变了植物的遗传组成。转基因植株因此被定义成既含有t-dnA又含有外源基因的植株。
那些激烈反对转基因的人士声称转基因作物和转基因食品是有害的，仅仅只是因为他们觉得t-dnA介导的将基因转移到不相关的植物中是自然状态下所不存在的。最近发表在《美国国家科学院院刊》上的一篇文章证明了农民种植的所有291种红薯品种中均含有至少4个外源基因以及t-dnA分子，而所有这些外源基因和t-dnA分子都不是被科学家插入的，这篇文章表明那些反对转基因人士的说法是错误的。野生的红薯品种并没有这些基因和t-dnA，这就表明数百年来农民们由于这些红薯的优良性状而无意识地选择了种植自然发生的转基因红薯品种，同时这也表明所有经过审定的有机红薯品种都是转基因的。
分子生物学的进步导致了两种改变作物遗传组成的新技术的诞生。他们以“rnAi”和“crispr-cas9”的名字而广为人知。rnAi（核糖核酸干扰）是通过产生一个小片段的rnA来降解用于合成蛋白质的rnA，使编码某一个重要蛋白的基因失活而不能发挥功能。植物自然状态下也会产生许多种rnAi来抵抗疾病和调控生长发育。当某一个基因的序列已知时，科学家很容易生产这些rnA片段来抑制这个基因编码蛋白质的合成。植物育种家很喜欢rnAi技术，因为这种技术在控制病毒性疾病以及虫害方面是一个非常高效并且对环境友好的技术。在夏威夷，从15年前开始，那些由rnAi技术拯救了夏威夷的木瓜产业。其他由rnAi研发出的作物有抗病毒的菜豆（巴西）、抗真菌的香蕉以及抗线虫的大豆。rnAi还有可能帮助农民抵抗对bt杀虫蛋白有抗性的食根虫。